Muhammed Haşim-i Keşmi şöyle anlatmıştır:

"Seyyidlerden bir genç, medresede talebe idi. Onunla arkadaşlık ederdik. Bir gün ağlayarak yanıma geldi ve başından geçen bir hadiseyi anlattı. İmam-ı Rabbani hazretlerinin büyük bir kerametini görmüştü. Dedi ki: "Hz. Ali'ye karşı savaşanları, hele Hz. Muaviye'yi sevmezdim. Bir gece senin üstadın İmam-ı Rabbani'nin Mektubat'ını okuyordum. Okuduğum yerde; "İmam-ı Enes bin Malik buyurdu ki: "Hz. Muaviye'yi, sevmemek onu kötülemek, Hz. Ebu Bekri ve Hz.Ömeri sevmemek bunları kötülemek gibidir. Ona sövene, bunlara sövene verilen cezayı vermek lazımdır" yazılı idi. Bunu okuyunca, canım sıkıldı ve yerinde olmayan bir yazıyı buraya yazmış dedim. Mektubat'ı yere attım. Yatağıma uzandım. Uyudum.

Rüyamda, senin o büyük üstadın öfkeli ve kızgın bir halde yanıma geldi. İki mübarek elleri ile kulaklarımı çekti ve; "Ey cahil çocuk! Sen bizim yazdığımızı beğenmiyorsun ve kitabımızı fırlatıp, yere atıyorsun. Benim yazımı okuyunca şaşaladın ve inanmadın. Ama gel, seni bir zata götüreyim de gör! Resulullah efendimizin eshabını sevmediğin için, aldandığını ondan işit" buyurdu. Beni çekerek, bir bahçeye götürdü ve kapısında bırakıp kendisi yalnızca ilerledi. Uzakta görünen büyük bir odaya doğru yürüdü. Orada nur yüzlü, büyük bir zat oturuyordu. Çekinerek ve saygı ile o zata selam verdi. Önünde diz çöküp oturdu. Ona bir şeyler söylüyor, beni gösteriyordu. Uzaktan bana bakışlarından benden bahsettiği anlaşılıyordu.

Biraz sonra senin o yüksek üstadın imam-ı Rabbani, kalktı. Beni çağırdı. "Bu oturan zat, Hz.Ali'dir. İyi dinle! Bak ne buyuruyor" dedi. Yanlarına gidip, selam verdim. "Sakın, sakın! Resulullah efendimizin eshabına karşı, kalbinde bir dargınlık bulundurma! O büyüklerden hiçbirini, asla kötüleme. Aramızda muharebe şeklinde görünen işlerimizin, hangi iyi niyetlerle yapıldığını, biz ve o kardeşlerimiz biliriz!" dedi. Senin yüksek hocanın adını söyleyerek; "Bu zatın yazılarına da sakın karşı gelme!" buyurdu. Bu nasihati dinledikten sonra, kalbimi yokladım. Bu husustaki tereddüdün ve soğukluğun, kalbimden çıkmadığını gördüm. Bu hâlimi hemen anladı. Öfkelendi. Senin yüksek hocana bakarak; "Bunun gönlü daha temizlenmedi. İyi bir tokat vur!" dedi. Şeyh hazretleri, kuvvetli bir tokat vurdu. Tokadı yiyince, kendi kendime; "Bunu sevdiğim için onlara düşmanlık etmiştim. Halbuki kendisi onlara düşmanlığımdan bu kadar çok incinmektedir. Bu halden vazgeçmeliyim!" dedim. Kalbimi yokladım. Düşmanlık, kırgınlık kalmamış, tertemiz buldum. O anda uyandım. Şimdi de kalbim o kinden temizlenmiştir. O rüyanın, o sözlerin tadı, beni başka hale soktu. Kalbimde Allah'tan başka hiçbir şeyin sevgisi kalmadı. Senin yüksek hocan imam-ı Rabbani'ye ve onun yazdıklarındaki marifete inancım iyice arttı."

İmam-ı Rabbani hazretleri 1615 senesinde, elli üç yaşlarında iken, talebelerinden çok sevdiklerine; "Benim ömrüm ve hayatım hakkındaki kaza-yı mübremin altmış üç sene olduğunu ilham ile bana bildirdiler" buyurdu. Ve buna çok sevindi. Çünkü Peygamber efendimize tâbi olmasının çokluğu, yaş bakımından da uymakla belli oluyordu. Aynı zamanda bu hususta Hz. Ebu Bekir'e, Hz.Ömer'e ve Hz.Ali'ye de uymuş oluyordu.

1623 senesinde Ecmir'de iken; "Vefat etmemin yakın olduğuna dair işaretler, alametler görülmeye başladı" buyurdu. Serhend'de bulunan kıymetli oğullarına mektup yazıp; "Ömrümüzün sona ermesi yakındır" buyurdu. Babalarının hasreti ve ayrılığı ile yanan, evliyanın gözlerinin nuru kıymetli oğulları, bu mektubu alınca, babalarının bulunduğu yere hareket ettiler. Huzuruna kavuşunca, bir gün, bu yüksek oğullarını hususi odaya çağırdı. Buyurdu ki: "Kıymetli oğullarım, bu dünyaya hiçbir şekilde nazarım ve bağlılığım kalmadı. Öbür dünyaya gitmek icap ediyor, gitme ve yolculuk alametleri görünmeye başladı."

İmam-ı Rabbani hazretleri Ecmir seferinden Serhend'e dönünce, artık evinde inzivaya çekildi. Bir müddet, beş vakit namaz ve Cuma namazı hariç, evden dışarı çıkmadı. Nur ve esrar menbaı olan hususi odasına; Muhammed Haşim-i Keşmi'den, yüksek oğullarından, talebelerinden ve hizmetçilerinden iki üç kişi hariç, başkalarının girmesi çok nadir oluyordu. Halveti seçtiği günlerden bir gün, soğuk bir nefes çekip; "Şeyh-ül-islam'ın (Ebu Ali Dekkak'ın) meşrebi çok yükselince, meclisinde insan kalmadı" sözünü söyledi. Burada olduğu gibi, ömrünün sonuna doğru, imam-ı Rabbani hazretlerinin meşrebi de o kadar yüksek oldu ki, talebelerinin en yüksekleri bile onun yanında mektebe yeni başlayan küçük çocuklar gibi kalıyorlardı.

İmam-ı Rabbani hazretlerinin talebelerinden biri şöyle anlatmıştır:

"İmam-ı Rabbani hazretlerinin ömrünün son günlerinde, hasta olduğu sırada huzuruna çıkıp, birkaç günlüğüne memleketime gidip gelmek için izin istedim. "Birkaç gün dur!" buyurdu. Sonra tekrar arzedip; "Hemen gidip, döneceğim" dedim. "Birkaç gün sabret!" buyurdu. Fakat; "Gidip en kısa zamanda huzurunuza döneceğim" deyince, izin verdi ve: "Sen nerede, biz nerede, ilkbahar nerede?" mısraını okudu. Bu sözünden birkaç gün sonra vefat etti.

Bu arada çok sadaka verdi ve büyük hayırlar yaptı. Esrar mahremlerinden, yakınlarından biri, bu sadaka ve hayratlarının çokluğunu görünce; "Bütün bu hayratlar, belaların giderilmesi için midir?" diye sordu. Buyurdu ki: "Hayır, belki de kavuşmak şevki ile bunları yapıyorum. Ve şu beyti okuyup gözlerinden sevinç gözyaşları döküldü:

"Vuslat günüdür sırdaşım âleme kucak açayım,
Bu devletin, bu nimetin sevinçlerini saçayım."

Muharrem ayının on ikinci günü buyurdu ki: "Bana bu dünyadan öbür dünyaya gitmeme kırk veya elli gün kaldığını bildirdiler. Mezarımı da gösterdiler." Bu sözleri dinleyenler üzüldüler ve şaşa kaldılar. Ciğerlerindeki yara yeniden tazelendi. O günlerde, oğlu Muhammed Said bir gün, imam-ı Rabbani hazretlerini ağlarken gördü. Sebebini sordu. Cevabında; "Allahü teâlâya kavuşmanın sevinci ile ağlıyorum" buyurdu. Yine oğlu; "Allahü teâlâ, bu işi, bu dünyada çok sevdiklerinin isteğine bırakır. Madem ki, siz bu kadar çok istiyorsunuz, elbette gidersiniz" diye arz etti. Bu sözü söyleyen oğullarında bir değişme gördü ve buyurdu ki: "Muhammed Said! Allahü teâlânın gayretine dokunuyorsun." Oğlu; "Kendi hâlime üzülüyorum" dedi ve gayet samimi bir beyanla, dert ve elem dolu kalbini dışarı vururcasına; "Ey gönlümün süruru babacığım! Bize yaptığınız bu şefkatsizlik ve acımasızlık nedendir?" diye arz etti. Bunun üzerine; "Allahü teâlâ sizden sevgilidir. Ayrıca bizim size şefkat ve yardımlarımız, vefat ettikten sonra, bu dünyadakinden daha çok olacaktır. Çünkü bu dünyada, insanlık icabı bazen ister istemez yardım ve teveccüh tam olmuyor. Halbuki öldükten sonra, beşeri sıfatlardan tamamen ayrılma vardır" buyurdu. Bunu söylediği günden itibaren, o günleri saymaya başladılar. Şöyle ki, Safer ayının yirmi ikinci gecesi kalbleri hasta eshabına; "Bugün söylediğim günlerin kırkıncı günü geçmiş oluyor. Bakalım bu yedi-sekiz günde ne zuhur eder" buyurdu. Yine oğullarına buyurdu ki: "Şu arada hasıl olan birkaç günlük sıhhatte, Allahü teâlâ, Habibine tâbi olan bir insanda bulunabilecek bütün kemalatı bana ihsan eyledi." Oğullarının bu sözlerden kalbleri parçalandı. Çünkü, bu sözlerde Hz. Ebu Bekri Sıddıkın;"Bu gün dininizi tamam eyledim" âyet-i kerimesi gelince kalblerine gelen, yani Peygamber efendimiz vefat edecektir, ilhamından bir işaret bulunduğunu anladılar.

Safer ayının yirmi üçü Perşembe günü, dervişlere, kendi mübarek elleriyle elbiselerini taksim etti. Kendi üzerinde pamuklu, sıcak tutan bir elbise bulunmadığı için, havanın soğukluğu tesir edip, tekrar sıtma hastalığına tutuldu ve tekrar yatağa düştü. Peygamber efendimiz hastalıktan kurtulup, az bir zaman sonra tekrar hasta olmuşlar ve vefat eylemişlerdi. İmam-ı Rabbani hazretleri, bu hususta da ittiba'ı (uymayı) kaçırmadı. Bu hastalıktan evvel hizmetçilerinden birine; "Mangal için şu kadar liralık kömür al!" buyurdu. Biraz sonra tekrar yanına çağırarak; "Söylediğimin yarısı tutarında kömür al, çünkü bir ses kalbime, o kömürleri yakacak kadar zaman kalmadı diyor" buyurdu. Kömürün bir kısmını kendisi için ayırtıp, diğerini çocuklarına gönderdi. Kendisine ayrılmış olan miktar, vefat ettiği gün tamamen bitmişti. Bu hastalık zamanında, yüksek ilimleri, çok fazla olarak kendi yüksek oğullarına anlattı. Bir gün ince hakikatleri beyanda o kadar uğraşıyor ve bunun için o kadar konuşuyordu ki, kıymetli oğulları Hace Muhammed Said; "Hazretinizin hastalığı bu kadar konuşmanıza elverişli değildir, bu marifetlerin beyanını bir başka zamana bıraksanız nasıl olur babacığım?" diye arz etti. Bunun üzerine: "Ey oğlum! Daha zaman ve fırsat var mı? Biliyorum ki, bir başka vakit, bu kadarını söylemeye de kuvvet ve kudret bulamıyacağım" buyurdular.

Bu günlerde hastalığı şiddetli olmasına rağmen cemaatle namaz kılmayı terk etmedi. Ancak son dört-beş gün, yalnız başına namaz kıldı. Duaları, tesbihleri, salevatları, zikri ve murakabeyi, hiçbir eksiklik olmadan yapıyordu. Dinimizin ve hocalarının yollarının inceliklerinden hiçbirini terk etmiyordu. Bir gece, gecenin üçüncü yarısında kalkıp abdest aldı. Teheccüd namazını ayakta kıldı ve; "Bu bizim son teheccüdümüzdür" buyurdu.

Vefatından biraz önce, kendinden geçme hali görüldü. Büyük oğlu, bu kendinden geçme halinin çokluğu, hastalığın şiddetinden mi, yoksa istiğrak (nurlara gömülme) sebebi ile midir, diye arz etti. Cevabında; "İstiğrak sebebi iledir. Çünkü, bazı çok yüksek haller görünüyor. Bunun için onlara teveccüh ediyorum, tâ ki hepsini oldukları gibi görebileyim ve bunlarla her şeyim tamam ve kâmil olsun" buyurdu. Bu derin sırlardan kısaca yüksek oğullarının kulaklarına fısıldadı. Bu kendinden geçme halinden kurtulunca, ciğeri yaralı, kalbi yanık talebelerine elveda sözünü hatırlatan, vasiyetlerini söylemeye başladı. Bu vasiyetlerin çoğu; mutabeata, Peygamberimize tâbi olmaya teşvik, sünnete yapışma, bid'atten kaçınma, zikir ve murakabeye devam etme hakkında idi.

Buyurdu ki: "Sünnete çok sıkı sarılmak lazımdır." Bu sözleriyle de Peygamber efendimize uymak istemişlerdi. Çünkü, Peygamber efendimiz vefat edecekleri zaman böyle nasihat eylemişlerdi. Abbad bin Sariye'den, Tirmizi ve Ebu Davud şöyle rivayet eder: "Resulullah efendimiz bize vaaz ediyordu. Bu vaazdan kalbler ürperiyor. Gözler yaşarıyordu. Dedik ki: "Ya Resulallah! Bu sözleriniz veda vaazına benziyor, bize vasiyet ediniz." Resulullah aleyhisselam buyurdular ki: "Size vasiyetim olsun: Allah'tan korkunuz, bir köle bile emr-i ilahiyi bildirse dinleyiniz ve yapınız. Yaşayanlarınız çok şeyler görecek. O zaman benim ve Hulefa-i raşidinin sünnetine gayet sıkı sarılınız, onu elden kaçırmayınız. Dinde bid'atten çok sakınınız. Çünkü bütün bid'atler dalalettir, sapıklıktır."

İmam-ı Rabbani hazretleri vasiyetine devamla şöyle buyurdu: "Dinimizin sahibi Resulullah efendimiz, nasihatlerin en incelerini bile; "Din nasihattır" hadis-i şerifi gereğince ihmal etmediler. Dinimizin kıymetli kitaplarından, tam tâbi olmak yolunu öğreniniz ve bununla amel ediniz.

Vefat ettiği Safer ayının yirmi dokuzuncu Salı günü, gece kendine hizmet eden hizmetçilerine; "Çok zahmet çektiniz, bu sizin son zahmetinizdir" buyurdu.

Sedirin üzerine yatınca, sünnet üzere sağ elini sağ yanağının altına koyup, zikirle meşgul oldu. Büyük oğlu Muhammed Said, babasının sık sık nefes aldığını görünce; "Hâl-i şerifiniz nasıldır babacığım?" diye arzetti. "İyiyim ve kıldığım o iki rekat namaz kâfidir" buyurdu. Bundan sonra bir daha konuşmadı. Yalnız Allahü teâlânın ismini söyledi ve biraz sonra da vefat etti. Peygamberlerin büyüklerinin çoğunun son sözleri namaz olmuştur. Bu hususta da Peygamberlerin Serverine tâbi oldu. Vefatı 1624 senesi, Safer ayının yirmi sekizi, güneş hesabı ile yirmi dokuzu, Salı günü kuşluk vakti vaki oldu.

O ay yirmi dokuz gün idi. Peygamber efendimizin vefat ayı olan Rebiül-evvel ayının ilk gecesi, Peygamber efendimizin huzuruna kavuştu. Hastalık ve humma çektiği günler, yaşının sene adedi kadar olup, altmış üç gün idi. Hadis-i şerifte; "Bir günlük humma, bir senenin kefaretidir" buyuruldu. Çektikleri hastalık, bu hadis-i şerifin manasına uygun oldu.

İmam-ı Rabbani hazretlerinin nurlu bedeni yıkama tahtasının üzerine konulup, elbiseleri soyulunca, orada bulunanlar hazret-i İmamın namazda olduğu gibi ellerini bağladığını gördüler. Sağ elinin baş parmağı ve küçük parmağını, sol elin bileğinde halka yaptı. Halbuki, oğulları vefatından sonra, kollarını düzeltip uzatmışlardı. Yıkama tahtasına yatırırken, tebessüm etti ve bir müddet bu şekilde kaldı.

Yıkayıcı, mübarek ellerini açıp düzeltti. Sol tarafa yatırdı, sağ tarafını yıkadı. Sağ tarafa yatırıp sol tarafını yıkayacağı zaman, orada bulunanlar, velilik kuvvetinin bir alameti olarak, zayıf bir hareketle ellerinin hareket ettiğini, bir araya geldiğini ve eskisi gibi tekrar sağ elinin baş ve küçük parmaklarının, sol elinin bileğinde halka yaptığını gördüler. Halbuki sağ tarafa yatınca, sağ elin sol el üzerine gelmemesi icap ederdi. Bununla beraber öyle bir kuvvetle sol elini tutmuştu ki, ayırmak ve çözmek mümkün değildi. Kefene sardıkları zaman, yine ellerinin bağlandığı görüldü. Bu hal iki-üç defa vaki oldu. Nihayet oradakiler, bunda derin bir mana ve gizli bir sır olduğunu anlayıp, bir daha ellerini açmaya uğraşmadılar ve oğulları Hace Muhammed Said; "Madem ki, muhterem babam böyle istiyor, böyle bırakalım" buyurdu. Peygamber efendimiz hadis-i şerifte;"Yaşadıkları gibi ölürler" buyurdu. Bu, Allahü teâlânın büyük bir ihsanıdır. Dilediğine ihsan eyler. Onun ihsanı boldur.

İmam-ı Rabbani hazretlerinin cenaze namazını, oğlu Hace Muhammed Said kıldırdı. Vefatında 63 yaşında idi. Serhend'de evinin yanında defnedildi. Daha sonra Afganistan padişahı Şah-i Zaman, kabri üzerine büyük ve çok sanatlı bir türbe yaptırdı.

Büyük oğlu Muhammed Said buyurdu ki:

"Yüksek babamı, vefatından sonra rüyada gördüm. Allahü teâlânın kendisine verdiği büyük nimetlerden tam neşe ve sevinçle anlatıyordu ve bununla iftihar ediyordu. Kendisine; "Canım babacığım, şükür makamından hiç kimseye bir nasip verdiler mi?" diye arzettim. "Evet, beni de şükredenlerden eylediler" buyurdu. Arzettim ki, Kur'an-ı kerimde mealen; "Şükreden kullar azdır" buyuruluyor. (Sebe' suresi: 13) Bu âyet-i kerimeden anlaşılan, bu cemaatin, Peygamberler olduğudur. Yahut da Peygamberlerin en büyük eshablarıdır. Hz. Ebu Bekri Sıddık gibi deyince; "Evet, öyledir. Fakat beni hususi bir ihsan ve inayetle, o cemaate dahil eylediler" buyurdu.